O ancestral terrestre comum dos hipopótamos e das baleias pertence ao grupo dos antracotérios (Anthracotheriidae), uma família de mamíferos artiodáctilos (ungulados com cascos pares) que viveram há cerca de 40 a 50 milhões de anos. Estes animais, parecidos com porcos ou pequenos hipopótamos, deram origem a ambos os grupos, com os hipopótamos sendo os parentes vivos mais próximos das baleias.