O naturalismo afirma que todas as coisas, incluindo a mente humana, são produtos da evolução e que têm a sobrevivência como seu objetivo, não a formação de crenças verdadeiras. Por esse motivo, ele levanta dúvidas sobre a confiabilidade das nossas crenças e mina, até mesmo, a base da empreitada científica.
Isso acontece porque, na perspectiva naturalista, as características que persistem nas populações são aquelas que conferem vantagens de sobrevivência e reprodução. A seleção natural favorece traços que favorecem a sobrevivência, não a formação de faculdades cognitivas confiáveis.
A evolução favorece a formação de crenças que sejam adaptativas para a sobrevivência, independentemente de serem verdadeiras. Por exemplo, ter crenças que levam a evitar ameaças iminentes pode ser vantajoso, mesmo que essas crenças sejam falsas. Portanto, se aceitarmos que a evolução visa a sobrevivência, e não a verdade, isso levanta a questão de se podemos confiar nas nossas crenças sobre qualquer assunto, como representações verdadeiras da realidade.
Se o naturalismo e a evolução são verdadeiros, é muito improvável que nossas faculdades cognitivas sejam confiáveis. Portanto, o indivíduo deve abrir mão de um dos dois (o naturalismo ou a evolução).
Na cosmovisão teísta, por outro lado, fomos criados por um Deus que queria que fôssemos capazes de conhecer a ele e à sua criação. Portanto, podemos confiar que ele nos dotou de faculdades cognitivas confiáveis. É o naturalismo que entra em forte conflito com a ciência, não o teísmo. Filósofos como Alvin Plantinga já apontaram isso. Até mesmo pensadores não cristãos já constaram isso. Veja os meus comentários.